Pascal Mayer dirige le Choeur de Chambre de l’Université de Fribourg, le Choeur Pro Arte de Lausanne et le choeur mixte des Diablerets. Il prépare régulièrement les choeurs pour les opéras de Lausanne, de Fribourg et de Neuchâtel, de même que pour différents festivals dont celui de Lucerne et de Nyon. Avec une sensibilité musicale alliant rigueur formelle autant que qualités lyriques, Pascal Mayer explore les plus grandes oeuvres, des Vêpres de Monteverdi au Requiem de Christian Favre. Il crée de nombreuses nouvelles oeuvres, de Laurent Mettraux, de Caroline Charrière ou de Jean-François Michel entre autres et, récemment, de Joséphine Maillefer et de Valentin Villard. Pascal Mayer a dirigé le Collegium Musicum, choeur et orchestre de l’Église des Jésuites de Lucerne, où il a enseigné la direction chorale. A Fribourg, il a enseigné la musique et dirigé le choeur du Collège Ste-Croix pendant 36 ans.
Il a préparé pendant plus de 20 ans les choeurs du Festival Avenches Opéra. Il a fondé le Choeur de l’Université et des Jeunesses Musicales de Fribourg ainsi que le Choeur de Chambre de l ‘Université de Fribourg. En 1995, avec le chef de choeur valaisan Hansruedi Kämpfen, Pascal Mayer a constitué le Choeur Suisse des Jeunes. Il a dirigé le Choeur Faller de Lausanne pendant vingt ans et le Basler Kammerchor durant cinq ans, suite à l’invitation de Paul Sacher. Avec ses différents ensembles, il collabore régulièrement avec l’OCL, l’OCF, le Sinfonietta de Lausanne, ainsi qu’avec des ensembles de musique ancienne.